En las fechas 13 y 14, obtuvo 2 triunfos consecutivos que lo devolvieron a los puestos de clasificación, esto tras superar agónicamente a Bolivia en Barranquilla y vencer a Ecuador de visitante en Quito. Los dirigidos por Francisco Maturana viajaron hasta Italia para componer el grupo D junto a Yugoslavia (que terminó 5.° en el certamen), Alemania (quién se postró campeona del certamen) y los Emiratos Árabes Unidos. Después del sorteo, la Selección Colombia compartió el Grupo G junto a las selecciones de Túnez, Inglaterra y Rumania. La Selección dejó de usar la camiseta color salmón en las eliminatorias de 1985, año en que se empezaron a usar los colores de la bandera, amarillo en la camiseta, azul en la pantaloneta y rojo en las medias. Unos días después, Asprilla dio unas fuertes declaraciones a la prensa criticando al entrenador, por lo que este, con el respaldo de los jugadores del equipo, decidió expulsarlo de la convocatoria y sacarlo del mundial.
Días después de la eliminación, Colombia enfrentó un drama: su defensa Andrés Escobar, quien marcó un autogol en el partido ante Estados Unidos, fue asesinado pasados unos días desde su regreso al país en Medellín. Días después por la segunda fecha, Colombia viajaría a Santiago para enfrentar a Chile empatando 2-2 donde Colombia comenzó ganando con gol de Jefferson Lerma, luego los locales dieron vuelta con goles de Arturo Vidal de penal y Alexis Sánchez, parecía que el local se quedaría con la victoria, cuando Radamel Falcao anotó para el empate final. El Betanzos CF ganó el partido al SD Sofán por un resultado de 1-0 pero este último presentó una reclamación por alineación indebida del equipo local. De no marcar ningún gol, el partido se definiría por lanzamientos desde el punto penal, pero esto no fue así ya que en el minuto 106 el jugador camerunés Roger Milla tras una jugada individual anotó el 1-0 y este mismo en el minuto 109 marcó el 2-0, aprovechando un error en la salida del arquero René Higuita. Sin embargo los resultados de las primeras tres jornadas no fueron los esperados, dejando un saldo de una sola victoria, conseguida en la primera jornada, por lo que Álvarez sería destituido de la selección en diciembre de 2011. Tras esto, el comité ejecutivo decide buscar un entrenador de nacionalidad extranjera, con el objetivo primordial de enderezar el camino en la Eliminatoria y poder clasificar a Brasil 2014. En principio, el reemplazante más opcionado era Gerardo Martino, que parecía ser el sucesor de Álvarez, pero por motivos personales declinó la propuesta.
No obstante, Colombia tuvo que esperar hasta fines de la década de 1980 para llegar a un plano destacado a nivel internacional, cuando llegaron el entrenador Francisco Maturana y una generación de jugadores como Carlos Valderrama (elegido el mejor jugador sudamericano en 1987 y 1993), René Higuita, Freddy Rincón, Leonel Álvarez, Arnoldo Iguarán, Albeiro Usuriaga, Faustino Asprilla, Adolfo Valencia, entre otros. Los siete últimos clasificados descendieron directamente a Preferente Autonómica, mientras que los cuatro primeros participarán en Tercera División RFEF. Durante la temporada 2019-20 el equipo compite en Tercera División de España encuadrado en el grupo VIII, al ascender de categoría esa misma temporada. En la temporada 2007-08, con el ascenso a Primera División de la U.D. La Selección no superaría la primera ronda de esa Copa. En 2015, iniciaría un nuevo proceso de cara a la Copa Mundial 2018, ya sin la presencia de experimentados como Mario Yepes, Luis Amaranto Perea o Faryd Mondragón, la selección participó de la Copa América realizada en Chile, siendo ubicada en el grupo C junto a las selecciones de Brasil, Perú y Venezuela; con una actuación irregular en su grupo, la selección clasificó a los cuartos de final como uno de los mejores terceros, culminando su participación tras enfrentar en la siguiente ronda a Argentina, siendo eliminada por esta en la tanda de penales.
Colombia se ubicó en el Grupo C junto a las selecciones de Argentina, camisetas de futbol baratas Paraguay y Estados Unidos. El combinado colombiano integró el Grupo A compuesto también por el anfitrión Estados Unidos, Suiza y Rumania. En 1983, la dirección técnica de la Selección le fue entregada a Gabriel Ochoa Uribe, múltiple campeón con Millonarios, Santa Fe y América, quien paralelo al trabajo en la cancha, estableció una comisión de personajes notables y conocedores del fútbol para que presentaran propuestas que fortalecieran a la Selección Colombia y ayudaran a progresar al fútbol colombiano. El proyecto hace parte de la política de la FCF enfocada a fortalecer los procesos deportivos y entregar todas las herramientas necesarias, especialmente a las selecciones juveniles, que son los semilleros y el futuro del fútbol colombiano. El equipo estuvo conformado por un conjunto de jugadores que, con la conducción de Francisco Maturana y Hernán Gómez, llevaron a la selección colombiana a figurar en el nivel internacional, logrando clasificar a tres copas mundiales de fútbol de manera consecutiva, y consiguiendo figuraciones importantes a nivel suramericano, como el título de la Copa América 2001. Tuvo su antecedente en la Selección que tuvo una participación fulgurante en el torneo Juventud de América de 1985 en Paraguay, que le permitió clasificar y participar en el Mundial Sub-20 en la Unión Soviética ese mismo año.